Збирката „Македонија во Втората светска војна“ (1941-1945) ја сочинуваат музејски предмети кои се живи сведоци на народно-ослободителната и антифашистичката борба на македонскиот народ која се одвивала како дел од глобалната Втора светска војна. Повеќе хетeрoгени историски музејски предмети, сместени во постојаната поставка и депо на музејот,  класифицирани во категории: оружје и воена опрема, лични фондови, печатени книги и весници, архивски збирки-документи, филателистички добра, фотографии заедно со картографскиот материјал и дополнителниот материјал ја обликуваат музејската збирка, со цел реалистична илустрација на конкретниот историски период. Збирката нуди можност посетителот да се запознае со носечките идеи на народнореволуционерната борба, како правото на самоопределување на македонскиот народ, визијата за национално ослободување,неопходноста за социјална правда, како и желбата за слобода и достигнување на човековите права. Преку сториите за дел од најзначаните предводници на партизанското движење -  херои и хероини кои со својата челична храброст се втемелени во државноста се доближуваат историските вистини и целиот контраст кој со себе го носат војните. Во музејската нарација претставена е и позицијата и активноста на Комунистичката партија на Југославија (КПЈ), односно Покраинскиот Комитет на Комунистичката Партија во Македонија (ПК на КПМ, а од 1943 г. ЦК на КПМ), како доминантен политички фактор во процесот на мобилизација и обедување на народните маси, како и делувањето на македонскиот народ во ослободителните движења во Бугарија и Грција. Преку автентични историски документи и фотографии експозицијата нуди можност за визуелизација на најголемата специфика на македонската народноослободителната борба, илинденската традиција. Акцентот е ставен на исклучително значаен историски настан, а тоа е поставувањето на темелите на современата македонска држава, на вториот Илинден одавгуст 1944 година,кога е одржаноПрвото заседание на Антифашистичко собрание на народното ослободување на Македонија (АСНОМ).На крајот од антифашистичкиот отпор, кој бешенасочен против бугарската, италијанската воена, окупациска и државна власт, кои делуваа по наредба и во соработка со Третиот Рајх,повеќе од 24.000 илјади цивилни жртви и борци се втемелија во македонската државност, директно давајќи придонес во најважната победа на човештвото

 м-р. Данијела Трајкова Крстиќ- кустос историчар за збирката “Македонија во Втора светска војнa “